DNA建库中PCR扩增子建库方法应用相对较少的原因
更新时间：2021-08-30 点击次数：2649
DNA建库方法是分子生物学的实验原理，其本质就是在待测片段两端加上接头的过程。目前DNA建库方法按照接头连接方式不同可分为五类：TA克隆连接接头建库、Swift法建库、转座酶法建库、PCR扩增子建库、平末端连接接头建库。 其中平末端连接接头的方法基于Ion Torrent平台。与Illumina平台类似，Ion Torrent平台的文库构建目的也是在片段化好的DNA片段两端加上特定接头，该方法一般包括4个步骤：DNA样本片段化、末端修复，连接adapter（PI和A/P1和X），选择性回收DNA片段，文库PCR富集，纯化PCR产物。
需要注意的是：在Ion Torrent平台构建好的文库通过油包水PCR种到测序柱子上，文库中的X或A接头是测序起始端，而P1接头是是连到测序珠子的这一端。与Illumina通过采集荧光信号记录记录碱基序列的方法不同，Ion Torrent的测序是通过微环境中pH值短暂的下降被pH电极检测到并且把测得的值传给计算机记录。
综上，NGS建库可以按照接头加入目的片段的不同分为5种，其中TA克隆连接接头建库法应用*泛，适用于绝大多数样本建库，是目前商业化建库方式的主流；Swift法与TA克隆连接接头法类似，操作上相对繁琐，P5接头和P7接头是分两步连接上的；
转座酶法只需1h 40min即可完成文库构建，可以节省大量的人力，但是在应用上只适用于cDNA和全基因组等文库的构建，且转座酶本身具有偏好性，对后续的测序质量会有一定的影响；
PCR扩增子建库是捕获建库的一种，适用于临床背景下靶向基因的研究，平末端连接接头建库适用于Ion Torrent平台，Ion Torrent*相对较低，所以此建库方法应用范围相对较少。
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