杂交捕获的原理是人工设计探针（DNA探针或者RNA探针），探针可以和目标区段部分或者全部互补。将样本和探针混合，探针会将目标区段捕获，未设计探针的区段会被洗脱丢弃，之后通过变性（一般是调节PH值到碱性）将探针和捕获区段分开，被捕获的片段即可进行二代测序文库构建。

　　杂交捕获流程介绍：

　　1、文库制备

　　将提取后的基因组DNA利用超声或酶切的方法将基因组DNA进行片段化，并进行末端修复和接头连接，接着进行PCR及纯化。

　　2、杂交反应

　　将带有生物素标记的RNA/DNA探针，对DNA文库的目标区域片段进行结合（探针应过量）。

　　3、链霉亲和素磁珠结合

　　使用链霉亲和素磁珠结合带有生物素标记的RNA/DNA探针与DNA文库相结合的双链复合物。

　　4、清洗

　　利用不同盐浓度的缓冲液进行多次清洗，主要目的为去除未被探针捕获的非特异性杂交，保留目标区域的DNA从而达到捕获效率的提升。

　　5、捕获后扩增

　　对捕获及清洗后的DNA产物进行PCR扩增，构建完成靶向富集的测序文库。

　　杂交捕获的优缺点都是什么呢？

　　优点：捕获区段大，可以达到几百MB，远超PCR方案和MIP方案，同时根据探针的原理其均一性很好，均一性是评价捕获技术很关键的参数，均一性好后续测序成本就会下降。

　　缺点：容易捕获非目标片段，造成成本增加。因为杂交前样本会被随机打断一般认为500bp是比较合适的长度，探针捕获时可能和目标片段部分杂交，导致一些含有部分目标区段的片段被捕获。所以杂交捕获的特异性较差，容易捕获非目标区段。